一文讀懂Ka/Ks

們基因進化的方式。從圖中，我們發現通常Ka是小於Ks。因為改變蛋白質的突變在兩個物種之間的差異遠小於沉默的物種。也就是說，在大多數的情況下，選擇消除了有害突變，並保持蛋白質不變（即純化選擇，purifyingselection）。

在少數情況下（通常當免疫系統基因與寄生蟲共同進化時），我們發現Ka遠大於Ks（即Ka / Ks >> 1）。這是有力的證據表明選擇已經改變了蛋白質（正向選擇，positive selection）。

我明白了，如果Ka等於Ks，那麼序列的進化肯定是中性的？

沒那麼簡單。中性進化是一種不可排除的可能性。但是，如果該基因的一部分（例如一個蛋白質結構域）處於正選擇狀態，而其他部分處於淨化選擇範圍內，那麼你也會得到Ka/Ks等於1的結果。不過，也有很多方法可以容許進行多序列比對之後，透過考慮物種的系統發育，計算出序列中每個codon的Ka/Ks（位點模型）。另外，可以檢測基因在一個譜系中是否存在不同的比率，這表明該物種特有的事情發生了（分支模型）。這些分析方法能揭示出更多的正向選擇，提供了更多的分析方向。

該怎麼把我的序列比對結果轉化成Ka/Ks值呢？

現在已經有很多種不同的方法供我們選擇，最常用最方便的是MEGA。當然老牌的楊子恆老師的PAML也同樣十分優秀。Hyphy軟體除了提供全域性的Ka/Ks計算外，也支援分支位點等各種模型，不過我比較喜歡Hyphy的一點是可以多執行緒計算。這些軟體的使用方法我會在之後的推送中具體給出。

作者：亮亮就是亮
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