管軼團隊重磅研究：走私穿山甲中發現冠狀病毒，潛在中間宿主添力證

機器之心發表於2020-02-20

管軼教授團隊剛剛提交的論文指出，在廣西、廣東等地走私的多個穿山甲體內發現的冠狀病毒與新冠病毒基因序列高度相似。

管軼團隊重磅研究：走私穿山甲中發現冠狀病毒，潛在中間宿主添力證

2 月 18 日，來自香港大學管軼課題組與廣西醫科大學胡豔玲課題組合作的研究被提交到生物學預印版論文平臺 BiorXiv 上。研究人員對廣西和廣東反走私行動中查獲的多個穿山甲樣本進行了檢測，並在穿山甲樣本中發現了冠狀病毒，屬於此次新冠病毒的兩個亞型，其中一個受體結合域與新冠病毒密切相關。

研究顯示，穿山甲體內發現的冠狀病毒與新冠病毒全序列相似性為 85.5-92.4%, 低於蝙蝠 RaTG13 的 96.2%。但穿山甲病毒的受體結合域（RBD）與新冠病毒更相似，達 97.4%，5 個關鍵位點完全相同。相比之下，蝙蝠 RBD 與新冠病毒的相似性只有 89.2%，5 個位點只有 1 個相同。此外，新冠病毒 RBD 以外序列與蝙蝠序列更相似，提示存在趨同進化或病毒重組。

在此前華南農業大學的研究報告後，管軼等人的新論文為穿山甲作為新冠病毒中間宿主的思路提供了進一步的證據（目前華南農大的研究結果尚未發表，具體研究細節我們還無從知曉）。

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論文連結：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.13.945485v1

研究者表示，此次發現的多種穿山甲冠狀病毒譜系及其與 2019-nCoV 的相似性表明，應該考慮將穿山甲作為人類新型冠狀病毒的可能中間宿主，並將其從市場中清除，以防止人畜共患傳播。

穿山甲在中國屬於國家二級保護動物，禁止捕殺和食用，非法捕殺、走私或販賣。但據不完全統計，20 世紀 60 年代至今，我國野生穿山甲的數量已經下降了 88.88% 至 94.12%。我國華南地區原有的穿山甲分佈區，至少有 50% 以上已成為罕見或瀕危絕跡的地區。

有專家介紹，目前國內的穿山甲種群已商業性滅絕，國際上非法販賣的穿山甲，大部分是為了滿足亞洲消費者的食用和藥用需求。

國內中華穿山甲陷入滅絕的同時，也危及到全球穿山甲種類，世界上非法交易量最大的野生動物正是穿山甲。據公開資料顯示，平均每五分鐘就有一隻穿山甲在野外被抓捕，大多數最終銷往目的地多是中國，其次為越南和緬甸。

穿山甲是蝙蝠之外，第二種被認為攜帶新冠病毒的哺乳動物。此前在 1 月 23 日，中科院武漢病毒研究所石正麗團隊在 bioRxiv 提交的論文表示蝙蝠很可能是新冠病毒的宿主。管軼等人發現穿山甲冠狀病毒與新冠病毒相似性的研究，再次強調了應禁止在菜市場等地交易野生動物的行為。

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作為該論文的通訊作者之一，管軼教授現任香港大學微生物學系教授，是最先提出果子狸是 SARS 冠狀病毒主要載體的科學家之一。他還是香港大學新發傳染性疾病國家重點實驗室主任以及香港大學流感研究中心主任，是當今禽流感病毒國際權威之一。

論文細節

論文中的研究者在 2017 年 8 月至 2018 年 1 月期間收集了 18 只馬來穿山甲的冷凍組織（肺、腸、血）樣本。這些穿山甲是在廣西海關緝私行動中獲得的。引人注目的是，這些樣本的 RNA 高通量測序顯示，有 6 個樣本（兩個肺、兩個腸、一份肺腸混合物、一份血液）中存在冠狀病毒。

透過擴增子測序等技術，研究者獲得了 6 份完整或接近完整的病毒基因組序列，在系統發育分析中，這些都屬於新冠肺炎（2019-nCoV）病毒的同族（見圖 1A）。

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圖1A

這些病毒的基因組結構也與 2019-nCoV 相似（圖 1b）。此外，研究者還能利用 Vero E6 細胞系成功分離出病毒。

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圖1B

基於這些新的基因序列，研究者設計了用於 qPCR（Quantitative PCR，核酸擴增熒光定量）檢測的引物，以確定這些原始樣品在冠狀病毒檢測中呈陽性。此外，他們還對 2018 年 5 月至 7 月之間收集的另一批穿山甲樣品進行了進一步的 qPCR 測試，在 12 只動物接受檢測的 19 份樣品（9 份腸組織，10 份肺組織）中，3 份肺組織呈冠狀病毒陽性。

在這次新冠疫情爆發後，廣州海關技術中心也重新檢查了本單位在 2019 年 3 月的反走私行動中繳獲的五份穿山甲樣品存檔，包括兩張皮膚拭子、一份未知組織、一份鱗片。測序之後發現，鱗片包含冠狀病毒讀取片段，從這些資料中可組裝 21505bp 的部分基因組序列（表示為 GD/P2S），與新型冠狀病毒的基因組有 72% 的相似度。

這種存在於鱗片上的病毒序列也可能來自其他受感染的穿山甲身體組織。值得注意的是，之前另一項針對患病穿山甲的研究也提到，從肺部樣本中檢測到了病毒重疊群（viral contig），與新型冠狀病毒相似。

這些穿山甲所攜帶的冠狀病毒基因組與本次引發疫情的新型冠狀病毒有 85.5% 到 92.4% 的相似性，在系譜樹上屬於新型冠狀病毒的兩個亞型，其中一個與新型冠狀病毒密切相關（見圖 1A）。

此前人們曾注意到，Sarbecovirus 亞屬的成員經歷了大範圍的重組。其中一個證據是，重組分析顯示蝙蝠冠狀病毒 ZC45 和 ZCS21 可能是重組體，包含來自多個 SARS-CoV 相關譜系和新型冠狀病毒相關譜系的基因組片段。

更加值得注意的是，研究者還觀察到了穿山甲病毒、蝙蝠冠狀病毒與人類新型冠狀病毒之間的重組跡象（圖 1C）。2019-nCoV 與廣東穿山甲冠狀病毒在受體結合域上表現出了非常高的序列相似性（氨基酸相似度 97.4%，見圖 1C 和圖 2A)，儘管它的其餘部分與蝙蝠冠狀病毒 RaTG13 在病毒基因組方面的關係最為密切。相比之下，蝙蝠冠狀病毒 RaTG 和人類 2019-nCoV 在受體結合域上只有 89.2% 的氨基酸相似度。事實上，廣東穿山甲冠狀病毒和 2019-nCoV 在受體結合域的 5 個關鍵殘基上擁有相同的氨基酸，而蝙蝠 RaTG13 只與 2019-nCoV 有一個氨基酸相同。

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圖 1 C。

有趣的是，對受體結合域中同義位點的系統發育分析表明，廣東穿山甲的系統發育位置與病毒基因組的其餘部分一致，而不是最接近 2019- nCoV（圖 2B）。因此，廣東穿山甲冠狀病毒受體結合域與 2019-nCoV 之間的氨基酸相似性可能是由於選擇性介導的趨同進化造成的（而非重組），儘管根據現有資料很難在這些可能性中做出選擇。雖然任何趨同進化的驅動因素都是未知的，但它的發生可能性以及重組的發生可能性都將進一步突出中間動物宿主在人類病毒出現中的作用。
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圖2A、B。

迄今為止，只有穿山甲和蝙蝠兩種哺乳動物被發現感染了與 2019-nCov 相關的冠狀病毒。此次在穿山甲身上發現了兩種相關的 CoVs 譜系，而且都與 2019-nCov 有關，這點令人驚訝。這一發現表明，二者可能是這些病毒的長期宿主，這點令人意外，因為穿山甲是獨居動物，種群數量較少。

不能排除穿山甲是從蝙蝠或其他動物宿主中獨自獲得了 2019-nCoV 相關的病毒。而且值得注意的是，這些病毒都是從走私的馬來穿山甲中發現的，可能起源於東南亞，其起源地的病毒多樣性我們還知之甚少。

毫無疑問，穿山甲群體中的病毒傳播程度還需要進一步調查，但 2019-nCoV 相關病毒感染在廣西和廣東省的頻繁出現表明，穿山甲可能是冠狀病毒的潛在重要宿主。

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包括新型冠狀病毒在內的冠狀病毒，廣泛存在於亞洲地區的許多哺乳動物體內。關於穿山甲體內冠狀病毒的流行病學、致病性、物種間傳染性、可傳播性尚待進一步研究，但資料表明，處理這些動物時需要提高警惕，應嚴格禁止在潮溼的市場中售賣這些動物。

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