計算機主機板的日常維護主要應該做到的是防塵和防潮，CPU、記憶體條、顯示卡等重要部件都是插在主機板上，如果灰塵過多的話，就有可能使主機板與各部件之間接觸不良，產生這樣那樣的未知故障，給你的工作和娛樂帶來很大麻煩;如果環境太潮溼的話，主機板很容易變形而產生接觸不良等故障，影響你的正常使用。另外，在組裝計算機時，固定主機板的螺絲不要擰得太緊，各個螺絲都應該用同樣的力度，如果擰得太緊的話也容易使主機板產生形變。
一般不開啟機箱，我們不太能夠接觸到它，我所碰到最多的就是有些人在不知道的情況或者為了省事，常常在開機的情況下把PS/2介面的滑鼠鍵盤直接拔下或者插上，其實這很危險，輕則介面壞掉(換個也要幾十塊錢哈)，重則相關晶片或電路板燒燬。普通電腦上，常用的只有USB介面和IEEE 1394火線介面才支援熱插拔(就是可以在不關主機的情況下進行插拔)。另外，插拔介面應該平行水平面拔出，以防止介面產生物理變形。
現在的電腦主機板多數都是四層板，六層板，所使用的元件和佈線都非常精密，灰塵在主機板積累過多時，會吸收空氣中的水份，此時灰塵就會呈現一定的導電性，可能把主機板上的不同訊號進行連線或者把電阻，電容短路，致使訊號傳輸錯誤或者工作點變化而導致主機工作不穩或不啟動。我們在實際電腦使用中遇到的主機頻繁當機、重啟、找不到鍵盤滑鼠、開機報警等情況多數都是由於主機板上積累了大量灰塵而導致的，這時只要清掃機箱內的灰塵後故障不治自愈就是這個原因。
主機板上給CPU、記憶體等提供供電的是大大小小的電容，電容最怕高溫，溫度過高很容易就會造成電容擊穿而影響正常使用。很多情況下，主機板上的電解電容鼓泡或漏液，失容並非是因為產品質量有問題，而是因為主機板的工作環境過差造成的。一般鼓泡，漏液，失容的電容多數都是出現在CPU的周圍，記憶體條邊上，AGP插槽旁邊，這是因為上述幾個部件都是計算機中的發熱量大戶，在長時間的高溫烘烤中，鋁電解電容就可能會出現上述故障。
瞭解了以上的情況，你在購機的時候就要有意識地選擇寬敞、通風的機箱。另外，定期開機箱除塵也是必不可少的一項工作，一般是用毛刷輕輕刷去主機板上的灰塵。由於主機板上一些插卡、晶片採用插腳形式，常會因為引腳氧化而接觸不良，可用橡皮擦去表面氧化層並重新插接。當然有條件時你可以用揮發效能好的三氯乙烷來清洗主機板。