如何從NCBI下載SRA資料

wangyunpeng_bio發表於2017-07-26

經常需要在GEO中下載測序資料原始檔案，得到sra編號之後，有兩種方法下載：
一、可以通過在ebi（http://www.ebi.ac.uk/）中搜尋SRA編號，然後用aspera直接下載fastq檔案，詳情參考本部落格《Chip-seq流程報告》
二、然而有的資料在ebi上並沒有提供fastq檔案，這個時候就只能下載SRA檔案，然後用sratoolkit中的fastq-dump進行轉換
後文將詳細介紹第二種方法
1、首先，進入GEO，以GSM2309041這套資料為例，找到需要的sra資料，SRX2159543
2、然後在GEO profile中搜尋SRX2159543
點選：如下圖所示：

點選Download data




4、右擊滑鼠，選擇“複製下載連結”。


進入Linux下載。
5、

wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByExp/sra/SRX/SRX215/SRX2159543/SRR4238252/SRR4238252.sra

或者使用aspera下載（最後那個.表示下載到當前目錄）

ascp -QT -l 100M -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByExp/sra/SRX/SRX215/SRX2159543/SRR4238252/SRR4238252.sra .

相關文章