sra是NCBI 推出的儲存高通量資料的格式,而平常我們工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 轉成fastq,從
http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software
下載相應的軟體。
或者下載最新的source code,在伺服器上用make 編譯。
然後使用如下命令列:
sra_sdk-2.0.0rc1/linux/rel/gcc/x86_64/bin/fastq-dump -A SRR034580 -D SRR034580.sra
這樣就可以很簡單的把sra格式轉成fastq格式了。
轉換 .sra 檔案成 .fastq/fasta 檔案
#single-end 單端測序
.../fastq-dump DRR000003.sra # 結果生成DRR000003.fastq
.../fastq-dump --fasta DRR000003.sra # 結果生成DRR000003.fastq
#pair-end 雙端測序
.../fastq-dump --split-3 DRR002018.sra # 結果生成 DRR002018_1.fastq,DRR002018_2.fastq
REF:
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4055a5940100o1mg.html
http://hi.baidu.com/wuyu466/item/152006eb4363eac3baf37d29
http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
http://blog.sina.com.cn/s/blog_70b2b6020100liee.html