Cython三分鐘入門

發表於2017-02-15

我最喜歡的是Python,它的程式碼優雅而實用,可惜純粹從速度上來看它比大多數語言都要慢。大多數人也認為的速度和易於使用是兩極對立的——編寫C程式碼的確非常痛苦。而 Cython 試圖消除這種兩重性,並讓你同時擁有 Python 的語法和 C 資料型別和函式——它們兩個都是世界上最好的。請記住,我絕不是我在這方面的專家,這是我的第一次Cython真實體驗的筆記:

編輯:根據一些我收到的反饋,大家似乎有點混淆——Cython是用來生成 C 擴充套件到而不是獨立的程式的。所有的加速都是針對一個已經存在的 Python 應用的一個函式進行的。沒有使用C Lisp 重寫整個應用程式,也沒有手寫C擴充套件 。只是用一個簡單的方法來整合C的速度和C資料型別到 Python 函式中去。

現在可以說,我們能使下文的great_circle 函式更快。所謂great_circle 是計算沿地球表面兩點之間的距離的問題:

讓我們呼叫它 50 萬次並測定它的時間 :

2.2 。它太慢了!

讓我們試著快速地用Cython改寫它,然後看看是否有差別:

請注意,我們仍然importmath——cython讓您在一定程度上混搭PythonC資料型別在。轉換是自動的,但並非沒有代價。在這個例子中我們所做的就是定義一個Python函式,宣告它的輸入引數是浮點數型別,併為所有變數宣告型別為C浮點資料型別。計算部分它仍然使用了Python math 模組。

現在我們需要將其轉換為C程式碼再編譯為Python擴充套件。完成這一部的最好的辦法是編寫一個名為setup.py釋出指令碼。但是,現在我們用手工方式 ,以瞭解其中的巫術:

現在你應該有一個c1.so(或.dll)檔案,它可以被Python import。現在執行一下:

1.8 。並沒有我們一開始期望的那種大大的效能提升。使用 python math 模組應該是瓶頸。現在讓我們使用C標準庫替代之:

import math 相應,我們使用cdef extern 的方式使用從指定標頭檔案宣告函式(在此就是使用C標準庫的math.h)。我們替代了代價高昂的的Python函式,然後建立新的共享庫,並重新測試:

現在有點喜歡它了吧?0.4 –比純Python函式有5倍的速度增長。我們還有什麼方法可以再提高速度?c2.great_circle()仍是一個Python函式呼叫,這意味著它產生PythonAPI的開銷(構建引數元組等),如果我們可以寫一個純粹的C函式的話,我們也許能夠加快速度。

請注意,我們仍然有一個Python函式( def ),它接受一個額外的引數 num。這個函式裡的迴圈使用for i from 0 < = i< num: ,而不是更Pythonic,但慢得多的for i in range(num):。真正的計算工作是在C函式(cdef)中進行的,它返回float型別。這個版本只要0.2秒——比原先的Python函式速度提高10倍。

為了證明我們所做的已經足夠優化,可以用純C寫一個小應用,然後測定時間:

gcc -lm -octest ctest.c編譯它,測試用time./ctest …大約0.2 。這使我有信心,我Cython擴充套件相對於我的C程式碼也極有效率(這並不是說我的C程式設計能力很弱)。

能夠用 cython 優化多少效能通常取決於有多少迴圈,數字運算和Python函式呼叫,這些都會讓程式變慢。已經有一些人報告說在某些案例上 100 1000 倍的速度提升。至於其他的任務,可能不會那麼有用。在瘋狂地用 Cython重寫 Python 程式碼之前,記住這一點:

我們應該忘記小的效率,過早的優化是一切罪惡的根源,有 97% 的案例如此。“——DonaldKnuth

換句話說,先用 Python 編寫程式,然後看它是否能夠滿足需要。大多數情況下,它的效能已經足夠好了……但有時候真的覺得慢了,那就使用分析器找到瓶頸函式,然後用cython重寫,很快就能夠得到更高的效能。

外部連結

WorldMillhttp://trac.gispython.org/projects/PCL/wiki/WorldMill——Sean Gillies Cython 編寫的一個快速的,提供簡潔的 python 介面的模組,封裝了用以處理向量地理空間資料的 libgdal 庫。

編寫更快的 Pyrex 程式碼(http://www.sagemath.org:9001/WritingFastPyrexCode)——Pyrex,是 Cython 的前身,它們有類似的目標和語法。

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