由國防科大開發的麒麟操作系統有很多，與國防科大混亂的CPU產品線一樣，這些麒麟作業系統彼此之間技術延續性也有限，比較有名的是銀河麒麟、優麒麟和中標麒麟作業系統。
另外，華為準備推出的可能被用於手機或物聯網的作業系統也被命名為麒麟。
銀河麒麟是國防科大、中軟公司、聯想公司、浪潮集團和民族恆星公司合作研製的開源作業系統。
銀河麒麟系統作業系統借鑑了Linux、FreeBSD、Mach和K42等作業系統核心技術，兼顧單核心和微核心結構的優點，自主設計了層次式核心結構。
銀河麒麟的核心結構由基本核心層和系統服務層組成，基本核心層包括硬體初始化、基本任務管理、基本儲存管理、中斷與異常處理等。系統服務層基於FreeBSD進行改進和最佳化,充分利用BSD作業系統的穩定性和豐富的工業標準介面，為使用者提供工業標準的網路、檔案系統等服務介面，實現了Linux二進位制相容模組、高可用模組和各種核心安全機制等。
銀河麒麟系統作業系統核外工具環境基於Linux開發，採用XWindow作為系統的基本圖形環境，支援Gnome或KDE桌面環境，設計了Windows風格的桌面環境和控制皮膚。
（銀河麒麟）
銀河麒麟曾經飽受非議的原因並不是因為基於FreeBSD進行修改——2006年的銀河麒麟作業系統核心與FreeBSD在原始碼上比較相似。
事實上，FreeBSD是完全免費開源的，FreeBSD允許他人修改並使用其原始碼，但必須宣告是修改自FreeBSD。而銀河麒麟雖然宣告過修改自FreeBSD，但在最初卻聲稱是自主智慧財產權，這顯然是對FreeBSD的不尊重，也是在被國外程式設計師非議的地方。
那國防科大為何如此作為呢？用爆紅網路的一句話就是“妥妥的體制問題”！
現在大家耳熟能詳的作業系統都是幾十年技術積累和站在巨人肩膀上的產物，而非憑空冒出來或從零開始從新開發的。
以國內各單位、公司目前的實力，用2-3年的研發週期，有限的人力資源，4000萬人民幣的研發經費，要從零開始獨立開發一個擁有自己核心的作業系統是絕對不現實——WindowsXP有程式碼4000萬行，微軟開發WindowsXP調集了5000餘名程式設計師，在開發Vista所花費的研發費用超過了200億美元。
雷軍執掌的金山軟體重寫wps也足足用了3年時間，耗資3000萬人民幣，而且雷軍重寫WPS，微軟開發Vista，國防科大開發銀河麒麟大致處於同一歷史時期，因此，等於是要國防科大用與開發WPS相當的時間和1.3倍的財力，開發一個作業系統......
因此，基於FreeBSD進行二次開發/深度定製就成為理所當然的選擇。但是某些領導非常喜歡“自主智慧財產權”，在各種檔案和規定中也要求必須完全“自主智慧財產權”，於是就出現了明明是基於FreeBSD的二次開發，卻聲稱是完全自主智慧財產權的情況。
再次澄清一下，基於FreeBSD進行修改並非汙點，基於Linux或FreeBSD/Unix進行二次開發/深度定製，做出自己的作業系統，這其實大多軟體廠商通行做法，比如谷歌和蘋果。汙點是基於FreeBSD進行二次開發/深度定製後宣稱自主智慧財產權。
事實上，大部分基於BSD核心或Linux核心的作業系統都不會對系統核心做多少修改，銀河麒麟系統為了適配國產CPU和裝置以及保障系統安全可控，自主設計了層次式核心結構，對系統內XWindow核進行修改、加固，並於作業系統中新增自己的核心模組，自主化程度相對於國內其他國產系統算是比較高了，如果能沿著這條路一直走下去，不斷提升自己的程式碼比例，替換國外開原始碼，開發自己的核心模組，未嘗不是一條出路。可惜的是，已經沒有如果了。
其實基於FreeBSD/Unix進行修改的作業系統有很多，最有名的就是被小清新奉為圭臬的iOS。但有意思的是，在國內黑銀河麒麟的人相當大一部分是攻擊它基於FreeBSD進行修改，而不是沒有宣告該系統基於FreeBSD，當銀河麒麟已經宣告是基於FreeBSD後，依舊被黑得不依不饒。
歸根結底，銀河麒麟的原罪僅僅是因為它是國產。
至於為何不從0開始寫自己的作業系統，這個話題以後再說。
優麒麟優麒麟是工信部、國防科大和Ubuntu系統開發商Canonical合作的產物。其實是Ubuntu系統的中文發行版，國防科大在其中新增了安全模組。
作業系統的編寫要有很深的技術積累，其實，現在大家耳熟能詳的作業系統都不是從零開始，都是站在巨人的肩膀上，比如IOS基於FreeBSD、安卓基於Linux，而FreeBSD、Linux追根溯源都是源自unix，即使是微軟的NT核心也和unix有著千絲萬縷的聯絡。
下圖為Unix發展史：
因此，Ubuntu系統也是站在巨人隊肩膀上，Ubuntu系統源自Debian系統，Debian是linux一個發行版。
中標麒麟因2006年沸沸揚揚的銀河麒麟抄襲事件導致銀河麒麟名聲掃地，出於未知的原因，國防科大逐漸放棄了BSD核心版的銀河麒麟的繼續開發與完善，轉而研發Linux核心的麒麟（也有可能基於BSD的麒麟純粹軍用，不向民間推廣了）。
雖然都叫麒麟，但是原來基於BSD核心修改的系統已經不再推廣，麒麟系統3.0版之後開始使用Linux核心，天河1號上執行的很可能也是Linux核心的麒麟。
2010年，民用的中標Linux作業系統和國防科大研製的銀河麒麟作業系統在上海正式宣佈合併，雙方今後將共同以“中標麒麟”的新品牌統一出現在市場上，並將開發軍民兩用的作業系統。
平心而論，當初的基於BSD核心的銀河麒麟被放棄著實令人惋惜，如果當時能頂住壓力，繼續完善開發麒麟系統，而不是朝秦暮楚的話，現在麒麟作業系統的自主化程度、安全可控程度和系統成熟水平可能會好得多。
中標麒麟有面向中標麒麟桌面作業系統、中標麒麟伺服器作業系統、中標麒麟雲作業系統等產品。能支援X86、ARM、MIPS、Alpfa、Sparc，龍芯、申威、眾志、飛騰等國產CPU均可執行中標麒麟作業系統。
雖然中標麒麟作業系統軟體生態貧乏，但已能基本滿足上網、影音、辦公需求。雖然在民用市場毫無競爭力，但在黨政軍市場已得到一定程度的推廣和應用。舉例來說，在2015中國計算機大會上，航天科工集團706所研究員孔雷的發言中提到“航天科工集團將18個核心經營管理類應用系統進行了國產化遷移、適配、最佳化，實現了從處理器、作業系統到資料庫、中介軟體的全國產化替代，並在真實科研生產環境下開展了廣泛應用。”
龍芯中科CEO胡偉武曾在接受媒體採訪時透露，“航天科工的核心業務都轉移到國產平臺上，像這樣的應用還有一些，這只是其中一個。比如航天科工的桌面和伺服器CPU大部分都是龍芯，也有部分申威飛騰，作業系統是中標麒麟，資料庫是達夢，辦公軟體WPS......”
目前，中標麒麟主要有兩個版本，一個版本由國防科大在維護，主要是針對飛騰進行最佳化；另一個版本是中標軟體在做，主要針對龍芯最佳化。另外，還有針對申威最佳化的版本，但不能和前兩者相比。
對於中標麒麟的市場前景，短時間內還是非常渺茫的，雖然惠普、戴爾、聯想都有預裝中標麒麟的電腦，其中戴爾中國高達40%以上的電腦預裝中標麒麟國產作業系統，但軟體生態的貧乏使其根本無法與Windows競爭，預裝中標麒麟的電腦大多在銷售過程中，被零售商安裝盜版Windows系統出售。
因此，中標麒麟的崛起必須是整個產業的崛起，哪怕作業系統做得比微軟更好，也只能孤芳自賞，何況目前的中標麒麟還有很大的改良空間。只有當龍芯/飛騰與中標麒麟建立類似於Wintel同盟的關係，並在中國半導體產業整體實力能與美國抗衡的情況下，才有可能在民用市場佔據一席之地。
基於Linux開發是否安全可控？開源軟體，顧名思義，該軟體原始碼是開放的，該軟體也是免費使用的，而且你還可以基於開源軟體進行修改。比如Linux，是全世界程式設計師共同維護的，在遵守協議的前提下，中國人可以免費獲得原始碼和使用或修改Linux。
至於Liunx是否安全可控，雖然linus表示曾經有西方情報部門要求往Linux裡面加一點東西，但Liunx的1500萬行程式碼都是開源的，如果只是給Linux換層皮，穿馬甲，不對核心進行修改、加固，那顯然是無法保證安全可控的。但只要自己技術過硬，仔細稽核原始碼，完全可以將自己認為有問題的程式碼替換掉，對系統核心進行修改，新增核心安全模組，就能保障安全可控。
目前，Linux核心有全世界程式設計師和國外巨頭共同維護，本身就是比較先進的核心，在技術層面上也看不到革命性變革的可能性。因此，技術層面上沒有推翻Linux核心，重寫新核心的必要性，何況Linux還是開源的、免費的。
國產作業系統的研發單位工作重點不是給Liunx換皮、穿馬甲，而是加強對開原始碼的稽核力度，發現可能存在的漏洞和風險，對核心進行修改和加固。
比如為提升安全性或適配龍芯、飛騰、申威等國產CPU開發某個核心模組，並向開源社群申請後被採納，加入到最新版本的Linux核心中。目前，已經有不少華人以這種方式實現了對Linux核心的修改。
即使開源社群未採納國人提交的程式碼，國人也可以用自己編寫的程式碼替換掉可能存在風險的程式碼，並將新程式碼整合到基於Linux的國產作業系統中。而這正是基於Linux二次開發的國產作業系統正在走路。
結語誠然，如中標麒麟等國產作業系統目前還不夠成熟，軟體生態也比較匱乏。但目前國內有個很不好的怪現象——很多國人對洋貨無比包容，對國產卻無比苛刻——客觀實際的指出洋貨的某些缺點和國產的少許進步，對某些人而言，彷彿殺了他親爹似的。
這種怪現象非常不利於國產作業系統的推廣。
國產作業系統的發展壯大，離不開每個國人的支援，這種支援可以是精神上的支援，也可以是情感上的包容，更現實的支援是自己使用國產作業系統，而這些都不會花費一分錢。
路漫漫，其修遠。在國產作業系統開發者們上下而求索的同時，希望全國人民能給國產作業系統一點時間，多幾分支援和包容，少幾分惡言相向。