要想搞清楚一個檔案的兩個版本之間的不同之處並不是件簡單的任務，而當該檔案是比較長的原始碼時，這就更加複雜了。
下面列出的工具可以幫助你分析和比較文件，必要時還可以進行合併。這些工具可以比較從Word文件到WAV檔案等所有的檔案型別，甚至支援程式碼語法高亮顯示。有些是免費的，有些是收費的，適用於Mac OS X、Windows或Linux。
1. Beyond Compare Version 3
Beyond Compare可以讓你輕鬆比較檔案和資料夾，包括文字檔案（HTML語法高亮）、Word文件、PDF檔案等。適用於Windows和Linux，售價為30美元（標準版）和50美元（專業版）。
2. Kaleidoscope
Kaleidoscope可以讓你比較文字檔案（包括原始碼）和影象，它可以整合在其他程式中，能夠讀取.psd、 .txt、 .png、 .jpg、和 .html 檔案，適用於Mac OS X，售價29美元。
3. Workshare Compare
Workshare Compare是一個企業級的檔案比較工具，可以讓你比較Word文件和基於文字的PDF。你可以拿1個檔案和多個檔案進行比較，它適用於Windows，一年訂閱費用為145美元。還有一個基本版，費用為每年99美元，但只能比較Word文件。
4. Docu-Proof Enterprise
Doc-Proof可以比較XML、Word、文字檔案和PDF檔案。它使我們能夠快速比較字型、大小、刪除、插入、拼寫和位置等方面的不同之處。
5. ExamDiff
ExamDiff是一個Windows下的、免費的、直觀的檔案比較工具。它具有自動變化檢測、一鍵比較、支援拖放操作等特點，並且是完全可定製的。它還有一個包含更多功能的專業版本，售價為34.99美元。
6. Diff Doc
Diff Doc可用於比較Word、Excel、PowerPoint、PDF、RTF、文字檔案、HTML、XML以及其它型別的文件，適用於Windows。
7. Compare Suite
Compare Suite支援通過關鍵字比較、資料夾比較、詞語忽略，還支援語法高亮，可以更容易比較程式碼檔案。適用於Windows ，單使用者許可的售價為70美元。
8. WinMerge
WinMerge是一個Windows下的、開源的比較合併工具，它可以直觀地顯示比較結果，合併檔案也比較容易。
9. Araxis Merge
Araxis Merge是檔案比較、合併、資料夾同步三合一工具，可以用來比較原始碼、網頁、XML和其他文字檔案，也可以比較Word、Excel、PDF、RTF檔案等。它適用於Windows和Mac OS X，標準版為129美元，專業版為269美元。
10. Changes
Changes可以讓你同步資料夾、比較程式碼，甚至可以比較各種文字和程式碼編輯器中的內容（包括Coda和TextWrangler）。Changes適用於Mac OS X，單使用者許可售價為49.95美元。
11. CodeCompare
CodeCompare是一個原始碼比較工具，基於.NET framework，支援語法高亮、Visual Studio整合、版本控制整合以及支援資料夾同步。它的基本版本是免費的，專業版售價為49.95美元。
12. Compare++
Compare++內建分析功能，可用於C/C++、 C#、 Java、CSS3和其他語言。適用於Windows，單使用者許可售價為29.95美元。
13. DiffMerge
DiffMerge是一個免費的檔案比較合併工具，適用於Windows、Mac OS X和Linux。它可以編輯用於比較的檔案，支援三個檔案的合併。
14. Pretty Diff
Pretty Diff是一個用於程式碼比較的免費的Web應用，完全使用JavaScript編寫。
15. Kompare
Kompare是一個直觀的比較工具，可以讓你比較兩個文字檔案，它包含在KDE軟體開發工具包中。
16. UltraCompare
UltraCompare是一個檔案和資料夾比較工具，可以比較文字檔案、Word文件、壓縮檔案和JAR檔案。除了本地/網路目錄比較外，它還支援FTP比較。適用於Windows，售價為49.95美元。
17. Code Difference Comparison Tool
這是一個免費的、基於Web的比較工具。
18. Diffuse
Diffuse是一個免費的Python文字比較和合並工具，適用於Windows和Linux。
19. Compare & Merge
Compare & Merge是一個用於比較和合並原始碼檔案的實用程式，可以比較HTML、XML和其他基於文字的檔案。它適用於Windows，售價為39.95美元。
Active File Compare支援語法高亮，可用於C++、 C#、 Java、 Visual Basic、 HTML、 PHP、 XML和其他程式語言。它也可以比較zip、tar和Gzip中的檔案，它適用於Windows，商業許可售價為$ 15.95，個人許可售價為 $ 9.95。
21. Colored Diffs
Colored Diffs是一個雷鳥外掛，可以高亮顯示其他使用者在CVS或SVN電子郵件通知中的更改。
22. Compare It! 4
Compare It!，不僅可以比較文字檔案，而且可以比較二進位制檔案和影象檔案。它適用於Windows，售價29美元。
23. Compare PDF
Compare PDF支援PDF和文字檔案的比較，它可以與其他軟體產品整合。適用於Windows，售價為35美元。
24. DiffPDF
DiffPDF是一個免費的程式，可以讓你比較兩個PDF檔案，包括文字和外觀的比較（如段落格式或影象改變），適用於Windows、Mac OS X和Linux。
25. Meld
MELD是一個Linux下的免費的、直觀的比較合併工具。它可以比較兩個或三個檔案，並可以直接編輯。它還支援資料夾比較。
Files Compare Tool是一個直觀的檔案和資料夾比較工具。它提供了顏色編碼比較功能和一個功能強大的編輯引擎。
Quick Diff是一個簡單的、免費的線上比較工具，只需複製和貼上要比較的兩個文字內容即可。
28. FourierRocks
FourierRocks是一個圖形化的WAV檔案比較工具，它是開源的，基於.NET。