LSF系統

Augusdi發表於2015-05-08


環境變數

基本上當您登入後，系統就已將LSF 相關的環境變數載入，因此您不需再做任何設定。 您可以透過以下的命令，來檢驗系統是否已幫您完成 LSF 的相關設定。

 

$ env | grep LSF
LSF_ENVDIR=/opt/lsf/conf
LSF_BINDIR=/opt/lsf/6.2/hpuxia64/bin
LSF_LIBDIR=/opt/lsf/6.2/hpuxia64/lib
LSF_SERVERDIR=/opt/lsf/6.2/hpuxia64/etc
XLSF_UIDDIR=/opt/lsf/6.2/hpuxia64/lib/uid
$ echo $PATH
...:/opt/lsf/6.2/hpuxia64/etc:/opt/lsf/6.2/hpuxia64/bin:…

基本指令

基本操作的幾個指令為：bsub、bqueues、bhosts、bjobs、bkill、bhist、bacct

 
bsub   
【說明】
bsub為LSF 提交(submit) 計算工作的指令，常用的引數有：-n、-q、-o、-e、-J
 
 
-n
指定計算工作所需的計算核心數目。可省略，預設值是：1
 
-q
指定執行計算工作的佇列的名稱。可省略，預設名稱是：xfer
 
-o
指定程式訊息(stdout) 的輸出檔案名稱。可省略，預設名稱是：$job_id.out
 
-e
指定錯誤訊息(stderr) 的輸出檔案名稱。可省略，預設名稱是：$job_id.err
 
-J
指定計算工作在佇列中的名稱。可省略，預設名稱為所執行的程式名稱
 
 【範例】
1.
非平行(serial ) 程式(其中以紅色粗體標出的部分，是您要執行的程式名稱)：
 
 
$ bsub ./my_program 
 
 
$ bsub -n 1 -q xfer -o output.txt -e error.txt -J TEST ./my_program 
 
 
 
上述兩例執行後產生的結果皆相同，都是提交到xfer 這個佇列裡。不同的是程式訊息輸出檔及錯誤訊息輸出檔，前例會以$job_id 做為檔案名稱。除此之外，後例在佇列中顯示的名稱為TEST，但前例則是my_program。
  
 
2.
平行程式(其中以紅色粗體標出的部分，是您要執行的程式名稱)：
 
 
$ bsub -n 4 -q xfer /work1/my_small_job 
 
 
$ bsub -n 16 -q mono my_paralle_job 
 
 
 
上述兩例的差別在於指定執行程式的路徑位置，若未列出指定執行程式的完整路徑，則預設是認為執行程式位於目前的目錄下。
  
 
 
3.
 
MPI 的程式(其中以紅色粗體標出的mpi_program，即是您在互動模式(interactive mode) 下所執行的程式名稱)
 
 
$ bsub -n 16 -q mono mpirun -np 4 mpi_program 
 
bqueues 

【說明】

檢視各個佇列的排隊狀況

【範例】

$ bqueues

QUEUE_NAME    PRIO   STATUS          MAX JL/U JL/P JL/H NJOBS PEND  RUN  SUSP
mono                50     Open:Active      80     80    4     -     224     160   64        0
xfer                  50     Open:Active       80    32     4     -       0         0     0        0
 
 
bhosts 
 【說明】
檢視佇列系統中的各個計算主機(host) 的狀態
【範例】
$ bhosts
 
HOST_NAME    STATUS      JL/U   MAX NJOBS   RUN SSUSP USUSP   RSV
hale                   ok             -          88     64        64        0        0         0
halen                 ok             -            8       0          0        0        0         0
 
 
 bjobs 
【說明】
檢視佇系統中各個計算工作的執行狀態。常用引數有：-u、-q、-l、-p
 
-u 指定要查詢的使用者帳號。可省略，預設值是目前使用的帳號。
 
-q 指定要查詢的佇列名稱。
 
-l 以長格式(long format) 的方式，顯示詳細的佇列資料。
 
-p 只顯示暫停中(pending) 的計算工作。
 
不加任何引數時，只會顯示目前使用者執行中或暫停中的計算工作。若要檢視其他使用者計算工作的執行狀態，可使用-u 引數指定要查詢的使用者帳號，或使用all 查詢所有使用者的執行狀態。(註：all 亦可套用在佇列名稱上。)
【範例】
$ bjobs -u all
JOBID  USER    STAT  QUEUE     FROM_HOST  EXEC_HOST  JOB_NAME  SUBMIT_TIME
4001   u11aaa0 RUN  mono       halen            32*hale       *igen-1010 Jan 1 02:03
4002   u12bbb0 RUN  mono       halen            32*hale       *igen-1020 Jan 1 03:04
4003   u13ccc0  RUN  xfer         halen             hale           *igen-1030 Jan 1 04:05
4004   u14ddd0 PEND mono      halen                              *igen-1040 Jan 1 05:06
4005   u15eee0 PEND mono      halen                              *igen-1050 Jan 1 06:07
4006   u16fff0   PEND mono      halen                              *igen-1060 Jan 1 07:08
4007   u17ggg0 PEND mono      halen                              *igen-1070 Jan 1 08:09
 
bkill 
【說明】
終止或暫停計算工作。
【範例】
$bkill 4001
 
  
bhist 
【說明】
用來檢視(包括已執行完成的) 計算工作的執行歷程及結束的原因。常用的引數有：-b、-l
 -b簡短格式
 -l 詳細資料
 【範例】 $ bhist -l4001
Job <4001>, User , Project , Command
Sat Jan 1 21:31:06: Submitted from host , to Queue , CWD , Output File , 32 Processors Requested;
Sun Jan 2 17:10:38: Dispatched to 32 Hosts/Processors <32*hale>;
Sun Jan 2 17:10:38: Starting (Pid 18479);
Sun Jan 2 17:10:38: Running with execution home , Execution CWD , Execution Pid <10000>;
Summary of time in seconds spent in various states by Sun Jan 2 16:04:18
 
 PEND    PSUSP       RUN         USUSP   SSUSP   UNKWN   TOTAL
 243572    0           168820     0           0           0            412392
  
bacct 
【說明】
統計在佇列系統中執行的CPU 時間及相關資料。常用的引數有：-C、-l、-q、-u
 -C 指定時間。可省略，未指定則是從系統紀錄開始時間到現在時間。
 
-l 詳細資料。可省略，未指定則僅顯示統計資料不會顯示每一筆記錄。
 
-q 指定佇列名稱。可省略，未指定則是所有佇列都算。
 
-u 指定使用者帳號(可省略)。
【範例】$ bacct -u user -q mono -C 03/01,05/31
 

統計user 從今年3/1 日到5/31 間，提交到mono 這佇列中的使用資料。

 
以上各指令的詳細用法，皆可由man page 取得。例如：man bacct、man bjobs、…

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