聚類分析軟體操作流程

                                       

 2011/2/24

背景簡介：

在晶片資料聚類分析中,可用的軟體有很多,其中最重要的軟體就是Cluster和它的相關樹視覺化軟體TreeView。

 

軟體下載：

那如何獲取這兩款軟體呢？以下為兩款軟體的獲取地址：

http://bonsai.hgc.jp/~mdehoon/software/cluster/

選擇Cluster 3.0 for windows 和 JavaTreeView 下載。

 

軟體安裝：

1.Cluster 3.0的安裝：

Cluster 3.0 for windows 的執行環境為windows系統，所以直接點選clustersetup.exe即安裝成功。

 

2.Java TreeView的安裝：

Java TreeView下載完成後，檔案解壓後如下圖（圖-1）所示，此時Treeview.jar此時預設的是壓縮檔案，千萬不要解壓TreeView.jar檔案包。在windows系統中，按理說雙擊 setup.exe 檔案能完成安裝，但出於某些原因，有的電腦可能執行不了，那是因為缺少了一個Java的執行環境，因此我們需要下載 JRE（Java Runtime Environment，Java執行環境）。

JRE軟體官方下載地址為http://www.java.com/it/download/manual.jsp（For Windows版本）。

安裝完JRE軟體後，Treeview.jar檔案會自動預設JRE開啟，如下圖(圖-2)所示，若沒有自動預設,可右擊選擇預設開啟程式選擇JAVA（TM）Platform開啟。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 圖-1                                       圖-2

 

 

軟體使用：

簡單地說：

1、Cluster的作用是應用一定的公式對一定格式的資料進行

過濾（Filter Data）、

校準（Adjust Data）、

分層聚類（hierarchical clustering）、

K-均值聚類（K-meansclustering）、

自組織圖譜SOM（self organizing map）、

PCA（principle-componetanalysis）。

最後輸出CDT和GTR格式檔案 ( CDT格式為TreeView的預設開啟檔案格式 ) 。

    

 2、TreeView的作用是對Cluster輸出的資料進行視覺化顯示。

 

1.Cluster 3.0的使用：

(1)資料的載入：Cluster所識別的檔案格式為TXT文字檔案，檔案格式如下圖（圖-3）所示，資料可由Excel表格直接複製貼上入文字檔案。

點選選單欄File / Opendata file 選擇相應檔案即可。

圖-3

 

 

 

(2)資料的過濾：Cluster的主介面如下圖（圖-4）所示，點選Filter Data標籤，點選所有核取方塊，資料值預設，最後點選ApplyFilter按鈕及AcceptFilter按鈕。此時資料過濾完成。

圖-4

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

(3)資料的校準：點選主介面的AdjustData標籤如下圖（圖-5），選擇對數轉換資料（Log transform data）、聚類基因（Center genes）以及聚類列（Centerarrays）前的核取方塊，資料預設，點選Apply按鈕。

圖-5

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 (4)資料的分層聚類：點選主介面的Hierarchical 標籤如下圖（圖-6），需要解釋的是Genes區域是設定資料每一行即是否對各個基因進行聚類，Arrays區域是設定資料每一列即是否對幾個時期進行聚類。

圖-6

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

   此處我們只對每行即各個基因進行聚類，所以將Genes區域的Cluster前核取方塊勾上，

聚類標準（SimilarityMetic）我們選擇correlation（uncentered），聚類方法函式（Clustering method）我們一般選擇輸出均值（Averagelink age）。點選完Averagelink age按鈕則會在原始資料所在的資料夾自動生成兩個檔案，檔案格式分別為CDT和GTR格式檔案。

 

(5)此時Cluster軟體的使命已經完成，接下來進入TreeView進行圖形輸出。

 

2.Java TreeView的使用：

(1) 軟體的執行：雙擊（圖-2）中的Treeview.jar檔案。軟體主介面如下圖（圖-7）所示。

圖-7

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

(2) 檔案的載入：同樣，點選選單欄File / Open選擇Cluster輸出的DAT檔案，稍等片刻即如下圖（圖-8）所示。

圖-8

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

(3) 顯示區域的選擇：用滑鼠左鍵按住在上圖（圖-8）中的彩圖區域選擇需要的顯示區域，所選區域會在右邊空白區顯示如下圖（圖-9）所示。

圖-9

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

(4)所選區域設定：基因色塊大小顏色深淺均在選單欄Settings /  PixelSettings裡設定，設定介面如下圖（圖-10）所示。

圖-10

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Global：是設定全域性圖片大小；

Zoom ：是設定每個基因色塊的大小；

Contrast：是調節基因色塊的對比度。

 

其他，比如字型等等如有需要均可在選單欄Settings子目錄下找到相應項進行設定，此處不再贅述。

 

(5) 影象的輸出：點選選單欄Export / Exportto image ，設定選單的資料預設（當然有需要也可作相應更改），點選Save按鈕，則輸出如下圖（圖-11）所示的圖片。

圖-11

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

(6) ColorBar的輸出：點選選單欄 Export/ Export ColorBar to image，設定介面如下圖（圖-12）所示：

圖-12

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

對ColorBar裡單個色塊的多少、大小及整體的大小輸出路徑等都可進行設定，好！點選Save按鈕即可輸出圖片檔案如下圖（圖-13）所示。

圖-13

 

 

(7)收工：OK！全都完成啦！(*^__^*)嘻嘻……