samtools得到mapping中各個位置覆蓋度情況程式，samtools tview的使用

use strict;
use warnings;


system 'samtools tview /home/blackstar/lastz/GRC/Yeast/share/02.assembly/00.novoalign/yeast_set1/H1_1/H1_1_Clean.S288C.novo.pe.dedup.bam /home/blackstar/lastz/GRC/Yeast/share/ref/S288C_R64.fasta';

這裡面，前面的引數我們基本不用看，你可以自己選擇，

-f 後面跟ref序列

-l 後面跟你的問詢序列，序列的格式就是前面文章中的bed檔案格式

然後後面要跟bam檔案

最後是輸出檔案。

use strict;
use warnings;

system 'samtools mpileup -ABQ0 -d100000 -f /home/blackstar/lastz/GRC/Yeast/share/ref/S288C_R64.fasta -l a.bed /home/blackstar/lastz/GRC/Yeast/share/02.assembly/00.novoalign/yeast_set1/H1_1/H1_1_Clean.S288C.novo.pe.dedup.bam >PREFIX.gatk.flt.spec.snp.around10.mpileup';

use strict;  
use warnings;  
  
  
system 'samtools tview -s H1_1_Clean /opt/share/yeast/02.assembly/02.processed/01.stampy/yeast_set1/S288C/yeast_set1.S288C.stampy.pe.realn.bam /opt/share/yeast/ref/S288C_R64.fasta';