circBase:環狀RNA資料庫

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circBase是一個環狀RNA的資料庫,收錄了人類,小鼠等多個物種的環狀RNA資訊，採用了find_circ軟體來預測去核糖體文庫中的環狀RNA,該資料庫的 網址如下

http://www.circbase.org/

在該資料庫中,環狀RNA的ID以物種的三字母縮寫開頭，比如hsa_circ_0018046,記錄了circRNA的頭尾在染色體上的為位置，來源基因，序列等資訊。通過以下3種方式可以檢索該資料庫

1. 直接檢索

在主頁的檢索框中，可以根據環狀RNA的ID, 來源基因的名稱，轉錄本名稱等多種方式進行檢索

檢索結果示意如下

軟體通過檢測覆蓋連線點兩側的reads來識別環狀RNA,對於一個環狀RNA,只能夠給出其頭尾在染色體上的位置和正負鏈資訊, 檢索結果中的genomic length對應的就是基因組上環狀RNA頭尾之間的長度。

同時還提供了環狀RNA對應的染色體區域上的重複元件和基因組特徵的註釋。

對於環狀RNA的序列資訊，根據頭尾的染色體位置去和已知的轉錄本進行比較，選擇一個最佳的轉錄本，即best transciprt作為參照，然後確定剪下之後環狀RNA的序列，從而得到spliced length。 需要注意的是，這種方式得到的序列只是一個生信預測的結果，後續還是需要實驗手段來驗證的。

檢索結果支援匯出xlsx, txt, csv等多種格式，也可以匯出環狀RNA的序列,示意如下

支援匯出基因組序列和剪下之後的序列，還可以向上下游延伸。

2. 列表檢索

通過導航欄的list search, 可以依次檢索多條記錄，示意如下

選擇對應的物種，然後輸入多個需要檢索的ID即可。

3. table browser

和UCSC的table  browser類似，提供了更加靈活的篩選策略，檢索框示意如下

通過blat按鈕,可以輸入fasta格式的查詢序列，然後和資料庫中的circRNA序列進行比較，示意如下

查詢結果如下所示

該資料庫是免費下載的，可以下載物種對應的環狀RNA的列表，也可以下載對應的序列，同時還提供了find_circ軟體的原始碼，可以用於分析自己的測序資料中的circRNA。

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