View topic - Format of pedigree data in BLUP-analysis | Forum | VSN International

Christof Pietsch Posted: Tue Oct 13, 2009 8:40 am

我想知道，是否沒有譜系資訊但有表型的條目必須包含在譜系資料中，以便使用VPEDIGREE指令在blup分析中計算分子關係矩陣？

Arthur Posted: Tue Oct 13, 2009 10:57 pm

對。
NRM矩陣必須將所有個體以及這些個體的已知父母納入資料中。
NRM的計算獨立於資料，然後與資料關聯。如果資料包含不在NRM中的個體，則關聯失敗。

gdutkowski Posted: Wed Oct 14, 2009 12:13 am

Joao Costa e Silva發現，在林業背景下，將這些【沒有譜系資訊的】個體包括在分析中可能會導致對加性方差的估計存在很大差異。我們標準地給這樣的分析應用一個額外的可正可負的units方差以避免偏差估計（對不起，不知道R的方法）。或者我們從方差估計中排除它們。
我不知道為什麼會發生這種情況，但據推測，作為沒有父母的個體，這些個體被視為系譜中不相關的創立者，並且在方差估計中被賦予了很高的權重。事實上，它們可能是有親緣關係的，或者來自不同的群體。