bam檔案出錯行(takes from 3 to 5 positional arguments but 6 were given)

weixin_34308389發表於2017-08-10
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程式碼
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報錯

網上討論沒有根本解決方案。

自己追蹤問題


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出錯檔案bam用samtools view 看
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放大,有幾處列間粘連

換了一個樣本的bam檔案重新跑htseq-count還是報同樣的錯

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用sed查詢了錯誤行和臨近行

各種檢視都沒有看出檔案行哪裡有不合理的地方,所以考慮軟體本身的問題。

試過了重灌conda中的htseq,python都沒能解決。最後還是放棄了conda環境直接在外部安裝htseq (用的pip安裝)進行同樣的測試,可以正常讀入bam檔案不再報錯。折騰下來算是解決了,教訓是conda安裝軟體也有坑,遇到問題趕緊在外部環境試試。總的來說導致報錯的原因在於htseq不同版本和所處環境。

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